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I funghi sono un gruppo di microrganismi classificati in un regno separato di piante e animali. Sono abbondantemente trovati in un certo numero di ambienti e vivono un'esistenza indipendente, dipendente (parassita) o reciprocamente vantaggiosa. I funghi sono vitali per mantenere il corretto funzionamento dell'ecosistema decomprimendo la materia morta e rilasciando nutrienti vitali nel suolo e nell'atmosfera.
Funghi saprofiti
I funghi saprofiti (o decompositori) sono il più grande gruppo di funghi presenti nel terreno. Trasformano la materia morta o in decomposizione in acidi organici, anidride carbonica e biomassa fungina (o il loro stesso corpo). Decompongono la materia organica dura, come il legno, attraverso il consumo dei suoi nutrienti e la sua immobilizzazione nel terreno. I funghi saprofiti sono in grado di abbattere la cellulosa, la lignina (che scompone il carbonio essenziale usato da molti organismi) e le proteine. Di solito si trovano intorno a animali morti, insetti, foglie e alberi caduti. Esempi di funghi saprofiti includono Pleurotus ostreatus (fungo di ostrica), Lentinula edodes (shiitake) e Stropharia rugosoannulata (Stropharia rei).
Funghi reciproci
I mutualisti sono un gruppo di funghi che formano relazioni reciprocamente vantaggiose (le relazioni di cui entrambe le specie coinvolte sono beneficiate) con le piante. Tipicamente, crescono sulle radici delle piante e li aiutano a ottenere nutrienti (come il fosforo) dal terreno. I funghi micorrizici sono un gruppo di mutualisti che cresce nelle radici delle piante. Esistono quattro gruppi principali di funghi micorrizici, tra cui orchidee, ericoidi, ectomicorrize e arbuscolari. Quasi il 90% di tutte le piante forma associazioni reciprocamente vantaggiose con funghi micorrizici. Esempi di funghi reciproci includono quelli delle famiglie Zygomycota e Basidiomycota.
Funghi patogeni
I funghi patogeni invadono la loro pianta ospite e scomporre la materia vivente. Tolgono le sostanze nutritive vitali dai loro ospiti, causando l'indebolimento della pianta e infine la morte. I funghi patogeni penetrano attraverso la loro pelle esterna (epidermide) o crescono all'interno della loro stomia (fori respiratori). Infettano una pianta e la fanno morire o la lasciano vivere mentre rubano i nutrienti vitali dalla pianta vivente.Le malattie delle piante causate da funghi presenti nel suolo includono marciume, macchia nera, ulcera, ruggine, malattia di Rhizoctinia, marciume radicale e verruca di patate. I funghi patogeni si trovano comunemente nel terreno all'inizio del raccolto. Esempi di funghi patogeni includono Pythium, Rhizoctonia, Phytophthora e Verticillium.