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Differenziare tra aquile dalla testa bianca maschio e femmina può essere un compito difficile perché non ci sono segni evidenti. Esistono, tuttavia, numerose differenze, anche se sottili.
Taglia
Le aquile dalla testa bianca sono più grandi dei maschi, che sono circa un terzo delle dimensioni. Le femmine tendono ad avere una lunghezza del corpo da 88 a 93 cm, mentre i maschi tendono ad avere una lunghezza da 75 a 86 cm.
Lunghezza artiglio
Sia i maschi che le femmine hanno quattro artigli: tre nella parte anteriore e uno nella parte posteriore. L'artiglio o l'alluce posteriore tende ad essere più grande nelle femmine.
Profondità ugello
La larghezza dalla sommità del becco al mento dell'aquila è la profondità del becco. Le aquile femmine hanno generalmente becchi più profondi rispetto ai maschi.
Voce
La femmina avrà spesso una voce più bassa rispetto al suo compagno. Il genere può essere determinato confrontando il tono delle due aquile.
Identificazione di genere nelle giovani aquile
In uno studio scientifico intitolato "Criteri per determinare l'età e il sesso delle aquile calve annidate" ("Criteri per determinare l'età e il sesso delle aquile dalla testa bianca", in traduzione libera), il dottor Gary Bortolotti ha stabilito che la differenza tra cuccioli maschi e femmine non è facilmente percepibile fino a circa 20 giorni di età. Ha scoperto che il modo più accurato per differenziare i sessi è misurare la lunghezza della zampa delle aquile e la profondità del becco.